Nachdem Todtnauberg anfänglich zur Pfarrei Tegernau gehört hatte, wurde es ab 1146 von Schönau und ab 1288 von Todtnau aus betreut. 1811 folgte dann die Erhebung zur selbständigen Pfarrei. Dass hier schon vor langer Zeit eine dem hl. Jakobus geweihte Kapelle existierte, davon zeugt die alte Jakobusstatue aus dem Jahr 1604, die zum Inventar der jetzigen Jakobuskirche gehört.
1794 errichtete man dann eine erste Kirche im Barockstil, die 1805 durch den Konstanzer Weihbischof konsekriert wurde. Das Jakobusbild vom Hochaltar dieser Kirche befindet sich heute im Pfarrsaal, während die beiden Gemälde der Seitenaltäre im Pfarrhaus aufbewahrt werden.
Die Marienstatue und das Missionskreuz wurden in das neue Gotteshaus übernommen. Nach dem Kirchenneubau, der zwischen 1967-1970 erfolgte, wurde die alte Kirche, die ihren Standort gegenüber dem Hotel Engel hatte, abgerissen.
Bedingt durch das Anwachsen der Bevölkerung und die zunehmende Bedeutung der Gemeinde als Erholungsort entschied man sich für einen größeren modernen Kirchenbau. Die Planung einer Kirche mit 450 Sitzplätzen für eine Gemeinde mit damals ca. 350 Katholiken zeugt vom großen Optimismus der damaligen Zeit.
Der Lörracher Architekt Johannes Birkner plante einen sechseckigen Kirchenraum, der von einem Zeltdach überspannt wird. Der 18 Meter hohe Turm steht getrennt vom Kirchenbau. In einer eigenwilligen Konstruktion wird die Glockenstube von drei Betonträgern getragen. Sie beherbergt ein vierstimmiges Bronzegeläute, das Friedrich Wilhelm Schilling 1968 gegossen hat.
Vom Münstertäler Künstler Franz Gutmann stammt die gesamte sakrale Einrichtung: Der Altar aus Granit, der Tabernakel ebenfalls aus Granit und mit Bronzetüren, der Taufstein mit einem Bronzedeckel, das Kreuz und der Ambo.
Auch die Leuchter und das Weihwasserbecken stammt von Gutmann, ebenso die beiden Portale aus Eichenholz, die Jakobus als Fischer und Jesus als den Guten Hirten zeigen. Die Entwürfe für die Verglasung schuf Prof. Georg Meistermann, Karlsruhe.
Der Kreuzweg von Kunstmaler Benedikt Schaufelberger war ursprünglich im Freien auf dem Weg zur Lourdesgrotte angebracht, er wurde 1977 in die Pfarrkirche übernommen.
Die Orgel von der Firma August Späht wurde 1969 aufgestellt. Das Instrument verfügt über zwei Manuale und 21 Register.
Die St. Jakobuskirche in Todtnauberg ist eine der höchstgelegenen
Pfarrkirchen Deutschlands. Als moderner Zeltkirchenbau erinnert die Kirche an das Volk des Alten Bundes, das im hl. Zelt ein sichtbares Zeichen der Gegenwart Gottes erkannte.