Bereits 1360 wurde an der heutigen Stelle der Kirche erstmals eine kleine Kapelle erwähnt. Nach dem Dreißigjährigen Krieg entstand an derselben Stelle eine etwas größere Kirche. Aufgrund erheblicher Mängel musste diese 1872 abgerissen und neu aufgebaut werden. Die Einweihung der neuen Kirche fand am 25. Juni 1876 statt.
Im Jahr 1965 erfolgte eine Innenrenovierung, 1966 erhielt die Kirche einen neuen Tabernakel, und 1984 wurde die Orgel restauriert. 1990 folgte die Instandsetzung der Kreuzwegstation. 2002 wurde ein Grundstück oberhalb der Kirche hinzugekauft, 2006 eine neue Wasserleitung von der Kirche bis zur Straße verlegt. 2009 wurde der Himmel für Fronleichnam restauriert. Für 2015 ist die Sanierung der oberen Kirchenmauer sowie des Kirchenvorplatzes geplant.
Die Messfeiern in Wellendigen finden in der Regel im zweiwöchigen Rhythmus statt.